你好！根据《劳动法》第47条的规定，用人单位有权根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。因此，公司有权修改“绩效考核办法”。

但根据《劳动合同法》第4条的规定，用人单位在修改或者决定有关劳动报酬等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。而且，应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。同时，根据《深圳市中级人民法院关于审理劳动争议案件的裁判指引》（深中法发〔2015〕13号）第72条的规定，规章制度的内容不得违反法律、行政法规及政策规定。

简单说，如果公司在修改“绩效考核办法”时经过了民主议定程序，内容不违法，且已对你公示告知，应该说，该修改后的“绩效考核办法”是可以作为用工管理的依据的。但你提到“考核奖金”出现了负数，则有可能构成损害劳动者的权益，是属于违法的。

可以向有管辖权的劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁。