你好！公司扣除绩效工资是否合法，要看双方对于绩效工资的核发如何约定，或者公司的相关文件如何规定，又或者以往的核发规则是什么。当然，公司就此负有举证的义务；如公司拿不出扣除绩效工资的充分依据，那公司将要承担不利的后果。